Opisując rzekę Kłodnicę od jej źródeł pierwszym miejscem, w którym obserwuje się pogorszenie jakości wody jest odcinek Kłodnicy poniżej wylotu oczyszczalni ścieków „Panewniki” i wylotu wód dołowych z kopalni „Wujek” Ruch „Śląsk” w Katowicach. Łączny zrzut wód z tych dwóch wylotów, w ilości średnio około 16 000 m3/d powoduje ponad sześciokrotny wzrost przepływu. Woda w Kłodnicy w tym miejscu jest silnie zanieczyszczona, nieprzejrzysta, na jej powierzchni można zaobserwować liczne wielkogabarytowe śmieci. Także wyniki badań jakościowych wody wskazują na jej silne zanieczyszczenie. Naturalne zdolności rzeki do samooczyszczania się oraz sprzyjające warunki – brak wlotów ścieków na odcinku ponad trzech kilometrów powodują, że Kłodnica na wysokości Rudy Śląskiej swoim wyglądem przypomina naturalną rzekę a nie ściek. Jest to ostatnie takie miejsce na Kłodnicy gdzie można „delektować” się jej widokiem.

Wyznaczono tzw. „gorące punkty” zlewni Kłodnicy - miejsca, w których zaobserwowano drastyczne pogorszenie jakości wody. W miarę możliwości lokalizowane były także źródła tych zanieczyszczeń. Na podstawie zebranych materiałów i informacji wyznaczone zostały trzy takie główne punkty:

·         Kłodnica, odcinek w Rudzie Śląskiej w dzielnicy Halemba;

·         Potok Bielszowicki (Kochłówka), na całej długości potoku;

·         Potok Czarniawka w Zabrzu od dzielnicy Makoszowy po ujście do Kłodnicy.

Pierwszy z „gorących punktów” zlewni Kłodnicy znajduje się w Rudzie Śląskiej (dzielnica Halemba). Drastyczne pogorszenie stanu wód w rzece obserwuje się poniżej wylotów kopalni KWK „Halemba” co skłania jednocześnie do wniosku iż to kopalnia jest jednym ze źródeł zanieczyszczenia. Wskazuje na to przede wszystkim gwałtowna zmiana barwy wody w rzece – wpływ zawiesiny węglowej. Wysokie wartości zanieczyszczenia substancjami organicznymi, tj. BZT5 i ChZT wskazują także na zanieczyszczenie nieoczyszczonymi ściekami pochodzenia komunalnego. O ile problem ścieków komunalnych zostanie rozwiązany z chwilą ukończenia przez gminę Ruda Śląska projektu porządkowania gospodarki ściekowej, o tyle w dalszym ciągu poważnym zagrożeniem dla rzeki pozostaną ścieki z terenu kopalni silnie zanieczyszczone zawiesiną.

Kolejny „gorący punkt” na liście to Potok Bielszowicki (Kochłówka). W górnym biegu potoku obserwuje się znaczne zanieczyszczenie ściekami komunalnymi. W chwili zakończenia gminnych programów porządkowania gospodarek ściekowych (dotyczy gminy Ruda Śląska i Zabrze) wszystkie dotychczasowe wyloty nieoczyszczonych ścieków powinny zostać zlikwidowane, co tym samym wyeliminuje obecny problem. Zmianę charakteru zanieczyszczenia obserwuję się na wysokości kopalni „Bielszowice” w Rudzie Śląskiej, oprócz zanieczyszczeń pochodzących ze ścieków komunalnych pojawiają się w dużych ilościach zawiesiny węglowe. W dolnym biegu potoku na odcinkach gdzie zmniejsza się prędkość przepływu wody, zawiesina opada na dno tworząc miąższe – ponad 0,5 m grubości warstwy osadów dennych, które stanowią poważne źródła wtórnego zanieczyszczenia wód.